華中農(nóng)業(yè)大學(xué)信息學(xué)院生物信息系研究生導(dǎo)師：陳玲玲

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華中農(nóng)業(yè)大學(xué)信息學(xué)院生物信息系研究生導(dǎo)師陳玲玲介紹如下：

陳玲玲，女，博士，華中農(nóng)業(yè)大學(xué)信息學(xué)院， 教授 、博士生導(dǎo)師

電話：18971629***

郵箱：llchen@mail.hzau.edu.cn

工作單位：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)信息學(xué)院

研究方向

植物及微生物基因組、轉(zhuǎn)錄組分析；代謝及蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析

教育經(jīng)歷

2001.09－2004.06， 天津大學(xué)， 理學(xué)院， 博士研究生

1996.09－1999.06， 青島化工學(xué)院， 化工系， 碩士研究生

1991.09－1995.06， 青島化工學(xué)院， 化工系， 本科

主要職歷

2014.07－至今， 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)信息學(xué)院， 教授 、博士生導(dǎo)師

2009.02－2014.06， 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院， 教授 、博士生導(dǎo)師

1999.07－2009.02， 山東理工大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院， 歷任講師、副教授

1995.07－1996.08， 山東濱州印染集團(tuán)公司， 質(zhì)檢員

科研成果

陳玲玲教授近些年來(lái)一直從事作物及植物病原微生物的組學(xué)數(shù)據(jù)分析及生物信息學(xué)研究工作，具體包括植物及微生物基因組組裝注釋、轉(zhuǎn)錄組分析、代謝及蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建等研究方向，開(kāi)發(fā)了植物單鏈導(dǎo)向RNA設(shè)計(jì)工具CRISPR-P等生物信息分析工具，作為生物信息負(fù)責(zé)人解析了多種農(nóng)作物及園藝基因組，構(gòu)建了多種作物及病原菌的代謝網(wǎng)絡(luò)和蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)，以及植物自然反義轉(zhuǎn)錄本和多種作物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，以共同第一作者在Nat. Genetics發(fā)表論文一篇，PNAS論文一篇，以通訊作者（含共同）發(fā)表Nat. Commun.論文一篇，Nucleic Acids Res.論文二篇，Mol. Plant論文三篇，Plant J.論文一篇，共發(fā)表SCI論文60余篇，其中近五年38篇（第一及通訊作者22篇），所發(fā)表論文被引用1300余次。應(yīng)邀擔(dān)任國(guó)際刊物Current Bioinformatics和Journal of Agricultural Engineering and Biotechnology (JAEB)編委，多次為Mol. Plant,PlantJ.,J. Mol. Evol.,BMC Genomics,Genetics,Gene,《遺傳》、《生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展》等國(guó)內(nèi)外知名刊物審稿。申請(qǐng)人2018年獲國(guó)務(wù)院政府特殊津貼，先后榮獲中組部萬(wàn)人計(jì)劃科技創(chuàng)新領(lǐng)軍人才、科技部中青年科技創(chuàng)新領(lǐng)軍人才、教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才、湖北省杰出青年等榮譽(yù)稱號(hào)。所取得的學(xué)術(shù)成績(jī)主要體現(xiàn)在以下幾個(gè)方面：

1．作為生物信息負(fù)責(zé)人參與多種作物基因組解析，包括甜橙、水稻、玉米等，負(fù)責(zé)基因組的組裝注釋、轉(zhuǎn)錄組分析、重測(cè)序數(shù)據(jù)分析及生物信息平臺(tái)構(gòu)建工作。甜橙基因組是世界范圍內(nèi)解析的第一例蕓香科植物基因組圖譜，約有三萬(wàn)個(gè)蛋白編碼基因。分析發(fā)現(xiàn)甜橙中約有一半基因處于雜合狀態(tài)，并有顯著的橘和柚遺傳特征，在此基礎(chǔ)上提出了甜橙起源是以柚為母本、橘為父本的二次雜交品種。通過(guò)基因組比較及基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析，發(fā)現(xiàn)了在甜橙果實(shí)內(nèi)大量合成維生素C的關(guān)鍵基因，相關(guān)文章發(fā)表于國(guó)際頂級(jí)期刊Nature Genetics（2013, 45: 59-66，共同第一作者），申請(qǐng)人負(fù)責(zé)基因組注釋、轉(zhuǎn)錄組分析、重測(cè)序數(shù)據(jù)分析、生物信息平臺(tái)構(gòu)建及論文寫作及修改。Nature Genetics專門配發(fā)評(píng)論，該成果被科學(xué)網(wǎng)、生物谷、中國(guó)教育和科研計(jì)算機(jī)網(wǎng)、南湖新聞網(wǎng)等多家媒體報(bào)導(dǎo)，論文被他引180次，是Web of Science的高被引論文。

2.開(kāi)發(fā)了多個(gè)植物生物信息工具及數(shù)據(jù)庫(kù)，包括植物單鏈導(dǎo)向RNA（sgRNA）設(shè)計(jì)工具CRISPR-P，植物自然反義轉(zhuǎn)錄本NAT等數(shù)據(jù)庫(kù)。CRISPR/Cas9系統(tǒng)是目前最為廣泛使用的基因組編輯系統(tǒng)，候選人課題組2014年率先開(kāi)發(fā)了適用于26種植物的單鏈導(dǎo)向RNA設(shè)計(jì)工具CRISPR-P（Mol. Plant,2014, 7: 1494-1496，唯一通訊作者），可以針對(duì)多個(gè)基因設(shè)計(jì)sgRNA，預(yù)測(cè)打靶效率及可能的脫靶位置，并提供sgRNA的酶切位點(diǎn)信息，CRISPR-P文章發(fā)表后得到了相關(guān)研究者的廣泛關(guān)注。2017年我們將軟件做了以下改進(jìn)：（1）優(yōu)化了打靶和脫靶效率的打分系統(tǒng)；（2）包含近幾年開(kāi)發(fā)的多種CRISPR-Cas 系統(tǒng)核酸酶及CRISPR-Cpf1系統(tǒng)；（3）包含更多條件的篩選如GC含量、限制性酶切位點(diǎn)的選擇及sgRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)等；（4）用戶上傳基因序列尋找sgRNA；（5） 增加到52種植物基因組。相關(guān)文章發(fā)表于國(guó)際著名期刊Mol. Plant（2017, 10:530-532，共同通訊作者），網(wǎng)站訪問(wèn)量超過(guò)150萬(wàn)次。鑒于以上學(xué)術(shù)積累，申請(qǐng)人與合作者發(fā)表綜述文章，闡述近幾年來(lái)CRISPR/Cas9系統(tǒng)的最新研究進(jìn)展，探討了該技術(shù)在植物基因組編輯中的廣泛應(yīng)用（Front. Plant Sci., 2016, 7: 703）。課題組構(gòu)建了植物NATs數(shù)據(jù)庫(kù)PlantNATsDB，開(kāi)發(fā)生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)了69種植物的200多萬(wàn)對(duì)NATs, 并整合高通量sRNAs測(cè)序數(shù)據(jù)和功能注釋來(lái)探索這些NATs的潛在生物學(xué)功能。為深入解析非編碼RNA的功能奠定了基礎(chǔ)，相關(guān)文章發(fā)表在Nucleic Acids Res. 2012, 40: D1187-1193。另外還構(gòu)建了柑橘數(shù)據(jù)庫(kù)CAP（http://citrus.hzau.edu.cn），水稻多組學(xué)生物信息平臺(tái)RIGW（http://rice.hzau.edu.cn），可檢索基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)互作、代謝網(wǎng)絡(luò)、代謝物等多組學(xué)數(shù)據(jù)，提供了CRISPR、序列比對(duì)、同源基因及功能富集等生物信息工具。RIGW通過(guò)直觀的網(wǎng)絡(luò)界面，為水稻研究者提供了豐富的基因組和其它組學(xué)數(shù)據(jù)，相關(guān)文章發(fā)表在植物學(xué)權(quán)威刊Mol. Plant上（2018, 11: 505-507，共同通訊作者）。

3. 構(gòu)建了多種植物病原菌的代謝網(wǎng)絡(luò)和蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)、組裝注釋、比較基因組分析及初步系統(tǒng)生物學(xué)分析。針對(duì)已測(cè)序植物致病細(xì)菌注釋信息中存在的問(wèn)題，對(duì)它們進(jìn)行了重新注釋，為研究者提供了更為精確的注釋信息，進(jìn)一步對(duì)部分植物病原菌的重新注釋信息進(jìn)行了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。針對(duì)宿主范圍廣、危害大、缺乏專用殺菌劑的胡蘿卜軟腐果膠桿菌，課題組采用同源基因映射的方法，結(jié)合基因組數(shù)據(jù)、已有注釋及重新注釋信息、實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)以及文獻(xiàn)檢索，構(gòu)建了胡蘿卜軟腐果膠桿菌胡蘿卜亞種PC1菌株的全基因組代謝網(wǎng)絡(luò)模型。該模型基本涵蓋了細(xì)胞必需的代謝途徑。進(jìn)一步對(duì)代謝網(wǎng)絡(luò)中的毒力因子代謝情況進(jìn)行分析，篩選了必需基因及潛在的殺菌劑靶標(biāo)。此外還預(yù)測(cè)了模型的合成致死基因?qū)Γ瑸閷ふ叶喟袠?biāo)組合殺菌劑奠定了基礎(chǔ)（FEBS Lett. , 2015, 589: 285-94）。

近些年發(fā)表的代表性論文：

1.Sun J, Liu H, Liu J, Cheng S, Peng Y, Zhang Q, Yan J, Liu HJ*,Chen LL*.CRISPR-Local: a local single-guide RNA (sgRNA) design tool for non-reference plant genomes.Bioinformatics, bty970,https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty970

2.Song JM, Lei Y, Shu CC, Ding Y, Xing F, Liu H, Wang J, Xie W, Zhang J,Chen LL*. Rice Information GateWay: a comprehensive boinformatics platform for indica rice genomes.Mol Plant, 2018, 11(3):505-507.

3.Liu H, Ding Y, Zhou Y, Jin W, Xie K*,Chen LL*.CRISPR-P 2.0: an improved CRISPR-Cas9 tool for genome editing in plants.Mol Plant, 2017, 10(3):530-532.

4.Zhang J#,Chen LL#, Sun S, et al. Building two indica rice reference genomes with PacBio long-read and Illumina paired-end sequencing data.Sci Data, 2016, 3:160076.#Co-firstauthors.

5.Zhang J#,Chen LL#, Xing F#, et al. Extensive sequence divergence between the reference genomes of two elite indica rice varieties Zhenshan 97 and Minghui 63.ProcNatl Acad Sci U S A, 2016, 113(35): E5163-71.#Co-firstauthors.

6.Ding Y, Li H,Chen LL*, Xie K*. Recent advances in genome editing using CRISPR/Cas9.Front Plant Sci., 2016, 7:703.

7.Guo J, Zhang H, Wang C, Chang JW,Chen LL*. Construction and analysis of a genome-scale metabolic network forBacillus licheniformisWX-02.Res Microbiol., 2016, 167(4): 282-9.

8.Guo J, Cheng G, Gou XY, Xing F, Li S, Han YC, Wang L, Song JM, Shu CC, Chen SW*,Chen LL*. Comprehensive transcriptome and improved genome annotation ofBacillus licheniformisWX-02.FEBS Lett., 2015, 589(18): 2372-81.

9.Wang C, Deng ZL, Xie ZM, Chu XY, Chang JW, Kong DX, Li BJ, Zhang HY,Chen LL*. Construction of a genome-scale metabolic network of the plant pathogenPectobacterium carotovorumprovides new strategies for bactericide discovery.FEBS Lett., 2015, 589(3): 285-94.

10.Chen D, Fu LY, Zhang Z, Li G, Zhang H, Jiang L, Harrison AP, Shanahan HP, Klukas C, Zhang HY, Ruan Y*,Chen LL*, Chen M*. Dissecting the chromatin interactome of microRNA genes.Nucleic Acids Res.,2014, 42(5): 3028-43.

11.Ding YD, Chang JW, Guo J, Chen D, Li S, Xu Q, Deng XX, Cheng YJ,Chen LL*. Prediction and functional analysis of the sweet orange protein-protein interaction network.BMC Plant Biol.,2014, 14(1): 213.

12.Lei Y, Lu L, Liu HY, Li S, Xing F,Chen LL*. CRISPR-P: A Web Tool for Synthetic Single-Guide RNA Design of CRISPR-System in Plants.Mol Plant,2014, 7(9): 1494-1496.

13.Guo FB, Lin Y,Chen LL*. Recognition of protein-coding genes based on Z-curve algorithms.Current Genomics, 2014, 15:95-103.

14.Xu Q#,Chen LL#, Ruan X#, et al. The draft genome of sweet orange (Citrus sinensis).Nature Genetics, 2013, 45: 59-66.#Co-firstauthors.

15.Jiao WB, Huang D, Xing F, HuY, Deng XX, Xu Q*,Chen LL*. Genome-wide characterization and expression analysis of genetic variants in sweet orange.Plant J., 2013, 75: 954-964.

16.Chen D, Yuan C, Zhang J, Zhang Z, Bai L, Meng Y,Chen LL*, Chen M*. PlantNATsDB: a comprehensive database of plant natural antisense transcripts.Nucleic Acids Res., 2012, 40: D1187-1193.

備注

2018年獲國(guó)務(wù)院政府特殊津貼

2017年入選中組部萬(wàn)人計(jì)劃“中青年科技創(chuàng)新領(lǐng)軍人才”

2016年入選科技部“中青年科技創(chuàng)新領(lǐng)軍人才”

2016年獲華中農(nóng)業(yè)大學(xué)研究生“教書育人獎(jiǎng)”

2015年獲湖北省杰出青年基金

2014年獲“華中農(nóng)業(yè)大學(xué)第五屆先進(jìn)女教職工”

2013年入選教育部“新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計(jì)劃”

擔(dān)任Current Bioinformatics和JAEB編委，多次為國(guó)內(nèi)外知名刊物審稿